Historia pierwszej w Polsce Krakowskiej Szkoły Melioracyjnej wiąże się ściśle z Państwową Wyższą Szkołą Przemysłową w Krakowie. Wyższa Szkoła Przemysłowa powstała w roku 1829 dzięki fundacji Szczepana Humberta, Francuza związanego z Krakowem przez 50 lat.
Szkoła była pionierem wiedzy technicznej na ziemiach polskich. Obejmowała ona całość nauk technicznych (wydziały budownictwa, mechaniki i chemii) oraz naukę malarstwa i rzeźby. W roku 1920 wprowadzono nowy wydział miernictwa, który zarządzeniem Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego z dnia 4 maja 1927 r. przemianowano na wydział Wodno-Melioracyjny.
Tę właśnie datę przyjmujemy jako początek Krakowskiej Szkoły Melioracyjnej.Wydział Wodno-Melioracyjny przetrwał do roku 1937 kiedy to został przekształcony w trzyletnie Liceum Wodno-Melioracyjne. Różne były losy szkolnictwa zawodowego w czasie okupacji hitlerowskiej. Mimo likwidacji wielu szkół dzięki postawie nauczycieli, uczniów i profesorów krakowskich uczelni wyższych udało się szkołę utrzymać.
1 września 1945 r. utworzono oddzielną jednostkę organizacyjną szkoły o nazwie Liceum Wodno-Melioracyjne.
W roku 1948 Liceum przeszło pod administrację Ministra Rolnictwa. W latach 1945 do 1955 zmieniały się okresy nauczania w szkole. Liceum najpierw trzyletnie zostało przekształcone w dwuletnie, następnie czteroletnie by w końcu w roku 1955 przyjąć nazwę Państwowego Technikum Wodno-Melioracyjnego z 5-letnim programem nauczania dla absolwentów szkoły podstawowej. Z dniem 1 września 1977 roku zarządzeniem Kuratora Oświaty i Wychowania w Krakowie powołano Zespół Szkół Melioracji Wodnych. Z dniem 1 września 1988 roku do Zespołu Szkół Melioracji Wodnych decyzją Kuratora Oświaty i Wychowania w Krakowie włączono Zasadniczą Szkołę Ogrodniczą w zawodzie ogrodnik terenów zieleni. Minister Rolnictwa i Gospodarki Żywnościowej z dniem 1 września 1993 roku utworzył w ramach Zespołu Technikum Ogrodnicze na podbudowie Zasadniczej Szkoły Zawodowej.Decyzją Ministra Rolnictwa i Gospodarki Żywnościowej z dnia 17 lutego 1997 roku dotychczasową nazwę Zespół Szkół Melioracji Wodnych zastępuje się nazwą:
ZESPÓŁ SZKÓŁ INŻYNIERII ŚRODOWISKA i MELIORACJI
Z dniem 1. 09. 2002 r. w strukturę Zespołu Szkół Inżynierii Środowiska i Melioracji została włączona Zasadnicza Szkoła Zawodowa nr 9 z ulicy św. Agnieszki 5.
